Четыре бесплатных и простых онлайн-инструмента для разработки ПЦР праймеров

Проектирование и проведение реакций ПЦР в лаборатории стало настолько распространенным явлением, что количество доступных инструментов конструирования праймеров может быть немного подавляющим для новичка (или даже опытного молекулярного биолога!). Ниже приведены четыре онлайн-программы, которые помогут быстро, легко и эффективно разработать дизайн праймеров.

Небольшая заметка, прежде чем мы начнем: Если вы новичок в PCR, labwareguid.ru предлагает множество статей для вас! Узнайте, как работает полимеразная цепная реакция . 

1. IDT OligoAnalyzer:  Это простой, но эффективный инструмент для определения физических свойств олиго-последовательностей до 255 оснований. После загрузки последовательности вы получите информацию о ее длине, содержании GC (ГЦ), диапазоне температур плавления, молекулярной массе, коэффициенте экстинкции и оптической плотности. Особенно интересны вкладки формирования структуры шпильки, а последняя версия также позволяет пользователям легко выполнять NCBI Blast без копирования и вставки последовательности.

Проверьте праймер без каких-либо добавленных сайтов рестрикции для клонирования, прежде чем заказывать свой праймер. Поскольку добавленный сайт не связывается с ДНК-шаблоном в первом раунде амплификации, вы должны убедиться, что свойства праймера не меняются значительно и не тормозят реакцию!

  • Подходит для пользователей: новички в разработке праймеров, знают, какой целевой диапазон содержания ГЦ и температуры плавления они хотят, и амплифицируют ДНК из плазмиды для типичных экспериментов по клонированию.
  • Другие соображения: не высокая пропускная способность (последовательности анализируются по одной).

2. PrimerBlast от NCBI (Primer3): возможно, один из наиболее уважаемых и универсальных онлайн-инструментов для разработки и анализа праймеров. PrimerBlast был разработан NCBI и сочетает в себе проверенную платформу Primer3 с возможностями Blast. Последний компонент имеет решающее значение, если вы амплифицируете геном организма и хотите минимизировать неспецифическое связывание с генами, сходными с вашей последовательностью-мишенью в геноме.

Для начала вы можете скопировать / вставить шаблон в PrimerBlast или использовать номер доступа в базе данных NCBI. Затем решите, какой из множества параметров вы хотите указать, например приемлемую длину продукта, диапазон температур плавления и выбор экзона / интрона, если вы разрабатываете праймеры для амплификации мРНК (экзоны делятся на некодирующие интроны в кодирующей ДНК). для мРНК).

После отправки и анализа последовательности вы также можете отсортировать результаты по длине праймера, температуре плавления и т. д. Моя любимая часть использования PrimerBlast — это то, что он предоставляет визуальный интерфейс, включая то, где праймеры будут связываться с шаблоном.

  • Подходит для пользователей, которые: амплифицируют ДНК из генома или уже разработали праймер и хотят проанализировать его специфичность к шаблону.
  • Другие соображения. Как и в случае с IDT OligoAnalyzer, это не инструмент проектирования праймеров с высокой пропускной способностью. Существует ограничение матрицы (50000 нуклеотидов), и PrimerBlast не предоставляет рекомендуемую температуру отжига.

3. BatchPrimer3: это отличный инструмент для создания праймера с более высокой пропускной способностью. BatchPrimer3 основан на Primer3 и может создавать широкий спектр праймеров. Результаты предоставляются в виде HTML с визуализацией выравнивания с цветовой кодировкой и могут быть загружены в форме с разделителями табуляции. С помощью этого инструмента вы также можете получить пакетную информацию о физических параметрах предлагаемых праймеров.

  • Подходит для пользователей, которым: требуется высокопроизводительный инструмент для разработки праймеров для многих последовательностей шаблонов.
  • Другие соображения: не обеспечивает рекомендуемую температуру отжига и автоматически не дает результаты праймера BLAST, как PrimerBlast. Кроме того, не выполняется «тест внутренней последовательности», что означает, что праймеры не тестируются на отжиг in silico для матриц.

4. HYDEN (HighlY DegeNerate primer) : иногда вы не знаете точную последовательность ДНК-мишени, которую вы пытаетесь амплифицировать, например, когда вы работаете с ДНК организма, которая еще не была секвенирована. В этом случае вы можете разработать «вырожденные» праймеры на основе родственных организмов или реверсировать их с помощью аминокислотной последовательности. HYDEN — это загружаемая программа, основанная на командной строке, которая разрабатывает праймеры для многих входных последовательностей.

  • Подходит для пользователей, которые: не знают последовательности ДНК-матрицы или пытаются амплифицировать из библиотеки кДНК.
  • Другие соображения: не обеспечивает физические характеристики выходных олиго-последовательностей, не самый удобный инструмент для разработки типичных клонирующих праймеров для известных последовательностей.

Конечно, этот список не является исчерпывающим — есть много других доступных вариантов онлайн! Перед тем, как подключать все ваши любимые шаблоны убедитесь, что у вас есть подробное понимание того, как работает ПЦР и ваше конкретное приложение, прежде чем разрабатывать и заказывать учебники для начинающих. Хотя оптимальная конструкция праймера может иметь большое значение для успеха в термоциклере, рассмотрите возможность изменения других ключевых компонентов вашей реакции ПЦР (таких как температура отжига, концентрация магния и используемая полимераза), чтобы еще больше увеличить ваши шансы на успех с особенно трудными шаблонами.

Какие инструменты вы используете для разработки учебника для начинающих и что вам в них нравится? Расскажите нам в комментариях ниже!

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *

Этот сайт использует Akismet для борьбы со спамом. Узнайте, как обрабатываются ваши данные комментариев.