Секвенирование нового поколения (NGS) и технологии новой эры находятся в центре внимания не только научно-исследовательских организаций, но и частных учреждений, которые имеют возможность увеличивать объемы и производительность для обеспечения высококачественных, устойчивых и быстрых результатов в качестве варианта аутсорсинга для исследователей. Вновь созданные компании создают научные центры, которые могут предоставлять услуги и поддержку в различных вариантах секвенирования, которые могут понадобиться научно-исследовательским или академическим учреждениям для реализации их проектов. Это означает, что новые карьеры доступны за пределами академической сферы, которой многие ученые решили следовать. Большинство компаний, связанных с секвенированием нового поколения, имеют собственную специализированную биоинформатическую инфраструктуру, располагающую опытным персоналом, способным по запросу предоставлять услуги, связанные с трудоемкими и ресурсоемкими экспериментами.
В данной статье мы представляем краткое интервью с сотрудником, работающим в отрасли NGS в качестве главного биоинформатика в одной из авторитетных европейских компаний.
На что похожа работа в отрасли NGS?
Как давно Вы работаете в компании, предоставляющей услуги в сфере NGS? Что влечет за собой ваша текущая работа и как выглядит обычный день?
4 года, как биоинформатик. Помимо анализа данных, эта должность включает в себя также разговор с клиентами о сомнениях, которые у них могут возникнуть, или обсуждение дальнейшего анализа. Иногда этот контакт происходит до определения последовательности, во время планирования проекта, где оценивается несколько подходов, и мы стараемся найти наиболее подходящий вариант в зависимости от потребностей заказчика. Наконец, наличие стажеров, работающих под вашим руководством, также требует вашего внимания.
Если бы мне приходилось взвешивать время в рабочий день, я бы сказала, что 60% — для анализа, 20% — для «обслуживания клиентов», 10% — для стажировки и, наконец, не менее 10% — для внутренних встреч.
Насколько важны биоинформатические хабы в компании NGS?
Вычислительные ресурсы имеют решающее значение, так как они определяют объем данных, которые можно обрабатывать. Необходимые ресурсы будут зависеть от размера компании и объема работ. В любом случае, важно, чтобы система была надежной, защищенной и способной обрабатывать несколько анализов одновременно.
Есть ли в большинстве компаний (био-)статистические эксперты в штате, или это обычно остается на усмотрение биоинформатора?
Статистика — это одна из областей, которую биоинформатики должны знать, по крайней мере, в базовом смысле, чтобы они могли проверить значимость и проверить свою гипотезу. Однако для реализации сложных проектов, требующих сложного моделирования для учета всех переменных, могут потребоваться более продвинутые знания и методы, обычно предоставляемые специалистом по биостатистике. В связи с этим (а также потому, что проекты редко бывают простыми), знание (био)статистики также является отличным способом получить вход в NGS компании.
Какие навыки и обучение необходимы?
Какое у Вас высшее образование? Что является достаточной квалификацией для того, чтобы начать работать в NGS компании?
Я изучал Биотехнологию в университете, а затем получил степень магистра биоинформатики.
Я считаю, что «биоинформатика» — это идеальный сценарий для работы либо в лаборатории, либо в биоинформатическом анализе. В конце концов, вы пытаетесь решить биологические вопросы, поэтому твердое понимание биологии обязательно.
Какие навыки необходимы для работы в центре биоинформатики компании NGS?
Для моей должности вы должны знать, как работать с Unix и высокопроизводительными вычислительными системами (HPC). Также необходимы знания языков программирования, таких как Python или R. С их помощью вы сможете настроить подходящую среду для установки программ, построения рабочих процессов, выполнения анализов и визуализации результатов.
Что я получу в процессе обучения?
Новые технологии NGS открываются и демонстрируются чаще, чем игровые приставки. Есть ли у вас достаточное обучение, чтобы идти в ногу с этими новыми технологиями?
Компании заинтересованы в том, чтобы иметь способных, хорошо обученных сотрудников. Довольно часто, как и в моем случае, они проводят обучение по определенным новым технологиям, которое, как правило, состоит из семинаров или курсов, проводимых экспертами по данной тематике, которые могут варьироваться от анализа метагеномных образцов до самой статистики.
Самообучение также важно для биоинформатика. Существует множество материалов о том, как работать с данными, поступающими с различных платформ или методик, образцами данных для практики или руководствами по различным инструментам. Это может показаться очевидным, но при настройке конвейера вы потратите значительное количество времени на просмотр документации и учебников по программному обеспечению, которые обычно содержат полезные советы от разработчиков. Я нашел это бесценным ресурсом в своей работе.
Новые инструменты биоинформатики публикуются почти каждый месяц. Сколько времени Вы тратите на их изучение? Является ли это время естественной частью Вашей должности (так же известной как компания предоставляет Вам достаточное для этого время), или Вам необходимо изучать эти инструменты в свободное от работы время?
Да, часть моей работы заключается в том, чтобы быть в курсе появляющихся инструментов, а некоторые из них в конечном итоге попадают в наши трубопроводы, потому что они лучше подходят для конкретных проектов. Ежедневно не выделяется время на «изучение новых инструментов», и мы не смотрим на все из них, потому что их слишком много. Мы концентрируемся на том, какие проекты нам могут понадобиться, выбираем те, которые лучше всего подходят под наши нужды, и после установки мы постоянно обновляем их. Если появляется проект с различными требованиями, предполагается, что часть времени выполнения проекта будет посвящена изучению подходящих инструментов и их настройке.
Буду ли я посещать конференции и публиковать доклады?
Вы участвуете в исследовательских программах в качестве члена компании? Учавствуете ли вы в публикациях или конференциях?
Мы участвовали в европейских проектах, хотя это не является основным направлением деятельности компании. Наиболее частым сценарием является сотрудничество с частной биотехнологической организацией, исследования которой могут привести к публикации. Исследователи из государственных структур часто приходят к соглашению с компанией, чтобы исследование проводилось в сотрудничестве, и это приводит к публикациям для личного участника.
Вы бы сказали, что кто-то, работающий в частной компании NGS, мог бы улучшить свои записи в публикациях и резюме, как если бы он был аспирантом?
Можно улучшить список ваших публикаций, но, как правило, не в том же темпе, в каком аспирант, который полностью посвятил себя этой цели, мог бы ею управлять. Быть первым автором публикации требует определенного уровня времени, посвященного одной экспериментальной процедуре, которую сотрудник NGS не может посвятить.
Как узнать, подходит ли мне работа в NGS?
Какой человек лучше всего подходит на роль в центре биоинформатики?
Динамичный человек, способный работать над несколькими проектами одновременно, учитывая их специфические требования (например, возможное загрязнение или предвзятость), потребности заказчика и сжатые сроки. И, конечно же, тот, кто не чужд поиску и устранению неисправностей.
Вкратце, можете ли вы представить «за» и «против» между частным и академическим сектором?
Я бы сказал, что одним из плюсов работы в NGS является большое разнообразие анализов, которые вы учитесь проводить. Мы работаем с самыми разными клиентами/инвесторами, имеющими различные области исследований, которые требуют различных последовательностей и подходов к анализу. Однако это приводит к афере, так как у вас может не хватить времени, чтобы стать экспертом ни в одной из процедур. Вы сможете провести множество анализов и достаточно хорошо понять общую картину, но для некоторых этапов вам может понадобиться более тщательное исследование. Это именно то, что может сделать кандидат наук, например: вложить время в полное понимание всех шагов (математика, лежащая в их основе), а затем иметь возможность, например, разработать новые подходы к анализу.
Как начать работать в отрасли NGS
Как вы находите такие вакансии (компании/задания и ключевые слова для поиска)? Сколько времени ушло на поиск текущей вакансии?
Я поступил на работу в компанию в качестве стажера, получив степень магистра, и компания наняла меня, так что у меня нет опыта поиска такой должности. Однако коллеги нашли особенно полезными платформы LinkedIn, ResearchGate или Nature Careers, используя поисковые термины «Bioinformatician» или «Data scientist».
Какова «текучка» кадров на Вашей должности?
Как и другие должности, которые также требуют высококвалифицированного персонала. Мы — востребованный персонал, поэтому нередки случаи, когда люди по каким-либо причинам меняют компанию. По моему опыту, сотрудники редко остаются на одной и той же должности менее 3 лет.
Есть ли конкуренция в этой области?
Возможно, сейчас это одна из самых безопасных вакансий в научных частных компаниях. Области NGS и биоинформатики растут скачкообразно: биоинформатические аналитики востребованы сейчас и будут востребованы в будущем, так что можно с уверенностью сказать, что эта позиция будет надежно закреплена еще долгое время. Однако, важно учитывать, что это заметили другие люди, и все больше и больше людей изучают основы Python, NGS или статистику — так что конкуренция тоже растет. Стоит также отметить, что новые области, такие как машинное обучение, могут изменить ситуацию в недалеком будущем.
Добавить комментарий