После десятилетия геномического секвенирования ДНК, ограниченного коротким считыванием, новые технологии позволяют ученым собирать генетическую информацию на более длинных промежутках, которые слишком велики, чтобы обнаружить их в небольших фрагментах. Захват более крупных фрагментов ДНК облегчает обнаружение и выделение клинически важных элементов, таких как структурные варианты, характеристики сложных областей, характеризующихся повторяющимися ДНК, и фазирование отдаленных вариантов.
Существует ряд платформ, включая одномолекулярное секвенирование, а также оптическое картирование и другие подходы. Все эти платформы объединяет одна общая особенность: потребность в чрезвычайно больших фрагментах ДНК.
К сожалению, многие биологические лаборатории давно забыли о методах работы с высокомолекулярной ДНК (HMW). После десяти лет потребности в фрагментах всего нескольких сотен пар оснований немногие ученые знают, как обращаться с относительно длинными фрагментами размером более 1000000 пар оснований.
Новая платформа SageHLS для экстракции длинных фрагментов ДНК HMW
Sage Science выпустила новую платформу SageHLS. HLS означает «Библиотечная система HMW». Это автоматизированное устройство для подготовки образцов позволяет получать фрагменты ДНК сверхдлинной формы для проведения геномного анализа с большой длиной прочтения. Инструмент SageHLS основан на электрофорезе для выделения ДНК из клеток, выделяя фрагменты размером до 2 Мб. Он также может быть использован с Cas9 и направлять РНК для очистки целых генов, представляющих интерес.
Как работает платформа SageHLS?
- Загрузка суспензии клеток, образцы тканей или культуры бактерий в специальные гелевые кассеты.
- SageHLS лизирует клетки и методом электрофореза удаляет все примеси, кроме неповрежденной ДНК.
- Система включает фермент для легкого расщепления ДНК на фрагменты, которые могут проходить сквозь гель, фрагменты разных размеров и собираются в шесть контейнеров.
Результат: Последовательный сбор фрагментов ДНК в диапазоне от 200 Кб до 2 Мб. Платформа SageHLS может давать до 3 мкг ДНК при входной нагрузке около 10 мкг ДНК, или около 1,5 миллиона клеток человека.
ДНК такого размера и количества идеально подходит для решения задач долгосрочной геномики (включая системы секвенирования от PacBio и Oxford Nanopore), анализа долгосрочных связей (например, Dovetail Genomics и 10x Genomics) и методов оптического картирования (например, Genomic Vision и Bionano Genomics).
В настоящее время ученые используют платформу SageHLS с CATCH (Cas9-Assisted Targeting of Chromosome Segments) для очистки целых генов.
Добавить комментарий