Недавно несколько групп сравнили производительность современных технологий секвенирования следующего поколения (NGS). Независимые сравнения различных секвенаторов следующего поколения дали хорошее представление о том, что можно ожидать от этих постоянно меняющихся технологий.
Помимо производительности, также полезно знать приблизительную стоимость и технологические различия — гораздо более простые аспекты сравнений технологий секвенирования следующего поколения. Поскольку небольшие лаборатории начали задумываться об использовании секвенирования следующего поколения, изучение стоимости и технических характеристик различных технологий секвенирования часто является первым шагом. Вот такое сравнение из двух недавних публикаций.
Loman et. Al и Quail et. представили хорошее сравнение цены и технических характеристик для современных секвенаторов следующего поколения путем секвенирования бактериальных геномов. Конечно, некоторые аспекты цена / технология. Сравнение спецификаций будет немного другим. Вот краткое резюме сравнения цен и возможностей секвенирования, выполненного Loman et. и др. и перепела и др. и др.
Сравнение цен и возможностей для 454 GS Junior, Ion Torrent PGM и Illumina MiSeq
| Секвенатор | Приблизительная стоимость | Стоимость запуска | Мин.пропускная способность | Время чтения | Стоимость 1Mb |
|---|---|---|---|---|---|
| Illumina MiSeq | $125,000 | $750 | 1500 Mb (2 x 150 Bases) | 27 часов | $0.5 |
| 454 GS Junior | $108,000 | $1,100 | 35 Mb (400 Bases) | 8 часов | $31 |
| Ion Torrent PGM — 314 Chip | $80,490 | $225 | 10Mb (100 Bases) | 3 часов | $22.5 |
| Ion Torrent PGM — 316 Chip | $80,490 | $425 | 100Mb | 3 часов | $4.25 |
| Ion Torrent PGM — 318 Chip | $80,490 | $625 | 1000Mb | 3 часов | $0.63 |
Сравнение цен и возможностей секвенирования PacBio RS, Ion Torrent PGM и Illumina MiSeq
| Стоимость машины | Пропускная способность за цикл | Стоимость секвенирования за Гб | Время выполнения последовательности | Наблюдаемая частота ошибок | |
|---|---|---|---|---|---|
| Illumina MiSeq | $ 128000 | 1,5-2 Гб | $ 502 | 27 часов | 0,8% |
| Illumina GAIIx | $ 256000 | 30 Гб | $ 148 | 10 дней | 0,76% |
| Illumina HiSeq 2000 | $ 654000 | 600 Гб | $ 41 | 11 дней | 0,26% |
| PacBio RS | $ 695000 | 100 Мб | $ 2000 | два часа | 12,86% |
| Ion Torrent -318 Chip | $ 80000 | 1Gb | $ 1000 | два часа | 1,71% |
Добавить комментарий